蒙巴顿觉得,真纳不可能改变立场。没有真纳的同意,印度统一只能依靠武力解决。很快,蒙巴顿制订出了一个分治方案:印度和巴基斯坦将成为一个整体中的两个独立国,孟加拉和旁遮普省可以拆开后并入印度和巴基斯坦,也可以作为两个整体分别加入印、巴各方,或单独存在。王公土邦则可自定前途。这就是通常所说的关于印巴分治的蒙巴顿方案。方案于5月3日带往伦敦后,内阁一星期就考虑并通过了,其中稍作修改,更清楚地说明印度的各个不同地区可以自己决定自己的命运。
蒙巴顿知道,反对方案的将是国大党,而不是穆斯林联盟,所以他先把尼赫鲁请到家里来,然后在睡觉前把方案交给尼赫鲁看。尼赫鲁暴怒不已,说这一方案同他所期望的相差太远,完全不能接受。但最后,不知蒙巴顿通过什么手法,尼赫鲁表示为了独立将不得不承受国家分裂的灾难,而且同意印度成为留在英联邦内的自治领土。对于方案,真纳表示同意,巴基斯坦也留在英联邦内。
移交政权的日子最终定为8月15日。方案实施了。不断的争吵、不断的协调充满了这段日子。蒙巴顿从英国的利益出发,希望获得自治的双方在各自的国旗上方标上英国国旗的标志,结果遭到了一向对立的印度教和穆斯林联盟的共同反对,蒙巴顿只好放弃这一想法。蒙巴顿还想由自己担任分治后印度和巴基斯坦两国的总督,但真纳坚决反对,他要求设两位总督,而且建议由他自己担任巴基斯坦总督,这使蒙巴顿很沮丧。