蒙巴顿觉得，真纳不可能改变立场。没有真纳的同意，印度统一只能依靠武力解决。很快，蒙巴顿制订出了一个分治方案：印度和巴基斯坦将成为一个整体中的两个独立国，孟加拉和旁遮普省可以拆开后并入印度和巴基斯坦，也可以作为两个整体分别加入印、巴各方，或单独存在。王公土邦则可自定前途。这就是通常所说的关于印巴分治的蒙巴顿方案。方案于5月3日带往伦敦后，内阁一星期就考虑并通过了，其中稍作修改，更清楚地说明印度的各个不同地区可以自己决定自己的命运。
蒙巴顿知道，反对方案的将是国大党，而不是穆斯林联盟，所以他先把尼赫鲁请到家里来，然后在睡觉前把方案交给尼赫鲁看。尼赫鲁暴怒不已，说这一方案同他所期望的相差太远，完全不能接受。但最后，不知蒙巴顿通过什么手法，尼赫鲁表示为了独立将不得不承受国家分裂的灾难，而且同意印度成为留在英联邦内的自治领土。对于方案，真纳表示同意，巴基斯坦也留在英联邦内。
移交政权的日子最终定为8月15日。方案实施了。不断的争吵、不断的协调充满了这段日子。蒙巴顿从英国的利益出发，希望获得自治的双方在各自的国旗上方标上英国国旗的标志，结果遭到了一向对立的印度教和穆斯林联盟的共同反对，蒙巴顿只好放弃这一想法。蒙巴顿还想由自己担任分治后印度和巴基斯坦两国的总督，但真纳坚决反对，他要求设两位总督，而且建议由他自己担任巴基斯坦总督，这使蒙巴顿很沮丧。