《太祖实录》凡三修，一修于建文之时，则其书已焚，不存于世矣。再修于永乐之初，则昔时大梁宗正西亭曾有其书，而洪水滔天之后，遂不可问。今史宬及士大夫之家讳实录之名而改为《圣政记》者，皆三修之本也。然而再修、三修所不同者，大抵为靖难一事，如弃大宁而并建立之制，及一切边事书之甚略是也。至于 、宋二公若果不以令终，则初修必已讳之矣。闻之先人曰：实录中附传于卒之下者正也，不系卒而别见者变也。当日史臣之微意也。今观卒后恩典之有无隆杀，则举一隅而三可反矣。
徐健庵则以为成祖为亲讳过举，故三修本极失实，其所上《修史条议》云：
《太祖实录》凡三修，一在建文之世，一在永乐之初，今所传者，永乐十五年重修者也。前二书不可得见，大要据实直书，中多过举，成祖为亲隐讳，故于重修时尽去之。其实太祖御制文集诰命，未尝讳也。今观此书疏漏舛误，不可枚举，当一一据他书驳正，不得执为定论。
夏燮最后出，其持论乃最精。燮以为再修、三修之用意，只在证明成祖确为高皇后所出，故懿文、秦、晋三兄死后，伦序当立。《明通鉴》卷首义例：