兴修水利是清前期统治者发展经济的又一措施。首先是治理黄河。顺治年间，黄河大决口有15次之多，给社会造成了极大危害。康熙在位的前16年里，黄河大决口竟有60多次，河南、苏北，受害极深。显然，根治黄河是关系国计民生的大事。康熙帝以靳辅为河道总督，专管治河事。靳辅在助手陈潢佐理下，继承和发扬了我国治河的优良传统，总结民间宝贵经验，征派民工，堵固决口，广修堤坝，开创中河，开辟海口，使部分河水得归故道，保证了漕运无阻，涸出了被淹的土地，治河取得了杰出的成就。康熙帝和乾隆帝对治理黄河都十分重视。他们二人各自六下江南，巡视治河工程是重要的目的之一。
其次是修治永定河。永定河流经京畿地区，因易淤沙，进而使河身垫高，以致浅溢，造成泛滥横决，沿河州县居民常罹其灾。康熙帝和乾隆帝巡视京畿地区，多次巡察永定河根治工程。康熙帝指出，治理永定河，必须使河身深狭，束水使流，借其奔注迅下之势，刷深河底，顺道安流，不致泛滥。他还谕示有关官员，把根治永定河取得的成功经验用于对黄河的治理中。
再次是治理太湖。太湖延袤五百余里，跨苏、常、湖三境，对江苏的经济发展影响很大。曾经有人说，太湖水善用之则为利，不善用之则为害。乾隆年间，因太湖各港口外，茭芦苇荻，弥望无际，严重地堵塞了水道，造成很大隐患。对此，清政府组织人力，治理太湖，使水害大为减少。