马克思主义者对科学派提出了批评。陈独秀批评丁文江“存疑的唯心论”，“和张君劢走的是一条路”，“你既承认宇宙间有不可知的部分而存疑，科学家站开，且让玄学家来解疑”，那么丁文江攻击张君劢的见解就只能“是以五十步笑百步”[37]。陈独秀还驳斥了胡适的二元论历史观。认为他“坚持物的原因外，尚有心的原因，——即知识、思想、言论、教育，也可以变动社会，也可以解释历史，也可以支配人生观”的观点是错误的。陈独秀指出：“我们并不抹杀知识、思想、言论、教育，但我们只把他当做经济的儿子，不像适之把他当做经济的弟兄。我们并不否认心的现象，但我们只承认他是物之一种表现，不承认这表现复与物有同样的作用。”[38]因此他坚信：只有坚持物质一元论，才能对一切人生观加以科学的解释，方能使玄学鬼无路可走，无缝可钻。离开了物质一元论，主张心物二元论，科学便濒于破产。应该说陈独秀的分析，的确抓住了科学派的薄弱环节。