康熙皇帝极力进行调解，并派内阁学士拉都浑率青海众台吉的使者，赶赴西藏调查。康熙四十八年(1709)正月二十七日拉都浑返京，康熙皇帝命议政王大臣等讨论，最后经康熙皇帝批准，作出两项决定：其一，拉藏汗所立达赖喇嘛，既问之班禅胡土克图，确知真实，应予以承认。但因其年幼，暂不给封号；其二，鉴于青海台吉等与拉藏汗不睦，西藏事务，不便令拉藏独理，特遣侍郎赫寿前往西藏，协同拉藏办理事务。清廷设置驻藏大臣自此开始。次年三月，康熙皇帝应拉藏、班禅、赫寿及诸寺喇嘛之请，封伊喜嘉措为达赖喇嘛，给予金册、金印。
鉴于西藏形势此较混乱，康熙皇帝于五十二年(1713)正月，以五世班蝉胡土克图罗桑益喜为人安静，熟谙经典，勤修贡职，初终不倦，决定照封达赖喇嘛之例，给予印册，封为班禅额尔德尼。班禅之号始自四世班禅罗桑曲结。以其精通“五明”,故尊称“班禅”,意为智德深广。额尔德尼，本系蒙古语珍宝的意思。自此便有了“班禅额尔德尼”的封号。此后，班禅遣使进贡，与朝廷建立直接的联系。康熙皇帝以册封达赖之例册封班禅，目的在于提高班禅地位，使之与达赖共主喇嘛教，协助拉藏汗管理西藏地方事务，安抚西藏人心，稳定形势。