第二，采取严厉的组织措施，限制学生的思想行为。1929年1月，国民党中央常委会通过《学生团体组织原则》和《学生自治会组织大纲》，同年10月又通过《学生自治会组织大纲施行细则》，规定学生团体“以在学校以内组织为限”，并“以不侵犯学校行政为限”；1930年12月，蒋介石以行政院长兼教育部长的名义发布《整顿学风令》，责令学生应致力于学习，不得干涉行政，如有违令，便严厉制裁，宣布一切罢课集会行动皆为非法。接着，他又签署了《告诫全国学生书》，要求对于“破坏法纪之学潮，自与反革命无异，政府自当严厉制止，如法惩处”。同时，国民党又运用行政高压手段控制了各公立学校的实权，把国民党的势力渗透到教育界，并在各级教育机关和各学校中秘密建立特务组织，监视师生的言行。
第三，实行毕业会考制度。1932年5月，教育部颁布《中小学学生毕业会考暂行规程》规定：各省市教育行政机关为整齐小学、初级中学、高级中学普通科学生毕业及增进教育效率起见，对于所属中小学应届毕业、经原校考查及格之学生举行会考，会考非各科及格不能毕业，由各省市教育厅局负责办理。1934年4月，又公布了《师范学校学生毕业会考规程》，通令各地严格执行。凡毕业的学生必须参加两次考试：第一次是学校举行的毕业考试，及格后才有毕业会考的资格；第二次是参加毕业会考，及格后才取得毕业资格；要升学的学生还要进行升学考试。这种会考制度，使学生的课程增加，无暇过问政治、关心时事，不仅成为限制学生参与社会政治活动的障碍，而且影响了学生全面学好各门功课，因而遭到学生的强烈反对。