值得注意的是，孙恩、卢循起义对道教发展产生了十分重要的影响。起义军提出“诛杀异己”的口号，这个“异己”并非指不信道者，而是指那些上层社会中的道教信徒。起义军曾杀掉了不少信奉五斗米道的官僚士族，如师事张氏五斗米道的王凝之一家，黄门郎谢冲、吴兴太守谢邈一门，中书郎孔道、太子洗马孔福等。由此恰好反映了民间道教与官方道教之间的激烈斗争，反映了道教发展过程中改造与反改造的激烈斗争。与此同时，参加起义的下层道民或战死阵前，或被迫自杀，其数以十万计，一些起义者甚至整个家族同归于尽。五斗米道受此重创，再也无力重新崛起，客观上使南朝的道教改革减少了反对力量。在起义过程中，也暴露了民间道教的落后性，如野蛮抢掠，尚武嗜杀，狂热迷信等，孙恩失败时，与部下数百人投水自尽，谓之先登仙堂，宗教的愚昧落后在民间道教中表现得尤为突出。这种状况使得一些道教信徒更加认识到改革民间道教的重要性和迫切性，加快了道教改革的步伐。
孙恩、卢循起义，沉重地打击了封建统治阶级，在中国历史上留下了辉煌的一页。作为一场反对官方道教的斗争，则标志着民间道教的失利，标志着反改造派的失利，为南朝的道教改革准备了条件，在中国道教史上留下了深远的影响。