眼看着来俊臣就要罪有应得了，武则天却犹豫了。在她看来，来俊臣是自己用得最为顺手的工具人，在替自己诛除反对派力量上还是做出过一点贡献的，处死实在有些可惜。因此来俊臣的判决书被送入宫中整整三天，也不见女皇陛下有任何批复。
所有人都看得出来，武则天想借此机会敲打一下来俊臣，然后放出来继续重用。所有人也都知道，来俊臣是一个睚眦必报的货色，被放出来后肯定会变本加厉，想方设法坑害人来重新证明自己的能力与价值。于是出于对来俊臣的恐惧，武家人一派和李家人一派的大臣结成了暂时的统一战线，旁敲侧击地劝女皇下令处决来俊臣。
在所有人的通力协作下，武则天终于被劝动了，她在判决书上同意了对来俊臣执行死刑。
武周神功元年（697）六月三日，酷吏第一代言人来俊臣被斩首于闹市，并获得了陈尸示众的待遇。
迟来的正义终究得到了伸张，以来俊臣最擅长的告密揭发的方式。