在明确的自然化认识论旗帜之下，科学历史研究的“认知路径”逐渐形成。例如，美国科学哲学家N.R.汉森（N.R.Hanson）从视知觉心理学入手，研究近代天文学家第谷和开普勒两人的观察模式的差异，得出了著名的“观察渗透理论”的结论。受其影响，库恩运用皮亚杰的发生心理学和格式塔心理学原理，深入探讨科学革命中科学范式的转换问题。近二十多年来，不少科学史家、科学哲学家以及认知科学家自觉地在“自然主义”的框架中开展研究工作，取得令人瞩目的成果。例如，L.达登（L.Darden）讨论了曾对孟德尔遗传学的发展起很大作用的认知策略问题；纳赛希安吸收利用了认知心理学的一些观点，以促进对物理学发展史的认识；P.萨伽德通过计算机建模去分析科学史上重要科学概念的变化过程；M.所罗门（M.Solomon）从板块构造学这个案例中认识到“助发现法”在科学决策中所起的关键作用；A.哥尼克（A.Gopnik）提出一种类比的科学认识论，将儿童发展心理学与科学概念统一起来等。此外，科学探究过程中影响认知的因素、认知模型的建构等也纳入人们的视野当中来。[46]纵观这些研究，有的选取某一自然科学领域中的认知过程，作案例性的剖析；有的依据自己熟悉的某一自然科学理论与方法，加以理论的概括与延伸；还有的运用人工智能技术和方法，对科学史中的认知过程进行模型化处理等。用认知科学哲学家R.吉尔（Ronald N.Giere）的话来说，在自然主义框架下对科学所进行的研究形成了一种“科学的认知进路”（scientifial cognitive approach）。这一进路诉诸认知结构和过程，以说明科学家模型的形成和选择，包括科学表征、概念变化、科学发现的心理过程等。虽然这些研究不排斥科学中的社会和文化因素，但它关注的更多的是科学家个体的认知活动，并且因对自然科学、认知科学运用和理解的差异而显示出具体认知进路的不同。[47]连同较早期的研究成果，我归纳出以下八个方面的具体进路。[48]