第二个层次的理论是专业基础理论。任何学科都有自身的理论，从历史学来说，什么是历史、什么是历史学，历史学对于国家、民族和社会来说有何功用，以及历史研究的方法、历史编纂的内容和形式、历史文献同历史编纂的关系、历史学同其他学科的关系、史学工作者的基本素养等，都是历史学的学科基础理论。当然，在这个层次中，包含着几个更细致的层次，如关于历史和历史学的认识，关于历史学社会功用的认识，关于研究历史的方法的认识以及关于史学工作者自我修养的认识等。对于这些问题，李大钊的《史学要论》（1924年）和翦伯赞的《历史哲学教程》（1938年）都做了开创性的研究与论述。20世纪60年代，翦伯赞结合当时历史学界的实际，发表了《对处理若干历史问题的初步意见》（1961年）和《目前史学研究中存在的几个问题》（1962年）这两篇被称为“纲领性文献”的论文，把专业理论问题进一步推向深入，对历史研究和历史学发展产生了积极的影响。改革开放以来，中国历史学界在许多方面取得了重大进展，在专业基础理论方面也取得了一些成绩。但是，应当坦率地承认，对于上面提到的这些理论问题，并不是所有的史学工作者都十分关注。比如，什么是历史、什么是历史学，什么是历史理论、什么是史学理论，这些基本概念常常是被混淆着使用的；至于对历史学的社会功用及其在社会中应有的位置，我们往往会认为这是常识问题，很少给予关注和论说。这种现象既不利于历史学的自身发展，也不利于社会公众对历史学的认识，不利于整个民族素质的提高。因此，我们必须重视历史学的基础理论研究。