这一年，刺史臧旻向朝廷呈报了孙坚的功劳，于是，孙坚被任命为盐渎县丞，数年后，又相继改任盱眙县丞和下邳县丞。
直到中平元年，也就是公园184年，黄巾军首领张角在魏郡起事。由于这次起义八州并发，所以来势迅猛，起义火焰很快燃遍了整个中原地区。
百姓蜂起响应，起义军所到之处，焚烧郡县官府，处死地方官员。官吏豪强抱头鼠窜，刘氏江山摇摇欲坠。在三十六方一旦俱发的起义声威面前，东汉统治者惶恐不安。
他们调动一切力量，对起义军进行镇压。车骑将军皇甫嵩、中郎将朱儁奉调围剿威胁洛阳的黄巾军波才部。而朱儁奏请孙坚担任佐军司马。
孙坚把他的家眷都留在九江郡寿春县，在淮、泗一带招募了一些士兵，加上跟随他在下邳县当差的同乡少年，共得精兵一千人。此后，孙坚便率领这一千多士兵，随朱儁南征北战。
正是因为追随朱儁，孙坚也因此平步青云，逐渐升任别部司马，议郎。
再便是公元187年，长沙人区星反叛，自称将军，聚众一万多人，攻围城邑。朝廷任命孙坚为长沙太守，前往剿灭。