与此同时，以陈诚为主任委员的九人调查委员会正式成立，就“匪谍”郭廷亮案有关详情，“彻查具报”。
该委员会成员中，有“副总统”一名、前任“院长”三名、现任“副院长”二名、现任“部长”一名、“资政”二名，其重要性由此可知。
调查委员会先后查询了郭廷亮等涉案多人。9月19日，又在阳明山第一宾馆集会，传询孙立人。21日，“监察院国防委员会”成立“孙立人案调查小组”，由曹启文等五人组成，曹启文任召集人。
10月8日，“孙立人案调查委员会”在举行第九次会议后，完成了1.6万字的调查报告书，认为孙立人应负有以下责任：
一、对第四军官训练班部分结业学生发动联络组织，实有在军中违法密结私党或秘密结社集会之嫌；
二、对郭廷亮信任甚深，不仅没觉察其为“匪谍”，而且因为孙立人企图利用郭在军中建立个人力量，乃至堕入郭廷亮“匪谍”活动之阴谋不自觉；
三、对旧部管束无方，训导不当，知情不报；
四、对“匪谍”有徇情包庇之嫌。
“孙案调查小组”也同时展开了公开调查，他们先后会晤九人调查委员会之陈诚、张群等人，调阅孙案所有卷宗，邀请孙立人到“监察院”接受查询，最后完成的调查报告书，其结论与九人委员会大不相同，认定孙立人与“孙案”无关，此事不过是派系相互倾轧、诬陷孙立人而已。