晋代将汉代的侍中寺改为门下省，作为皇帝的侍从、顾问机构，长官为侍中。侍中在秦汉时侍从皇帝左右，出入宫廷，应对顾问，并常代表皇帝与公卿辩论朝政，地位虽不高，因能接近皇帝，故显得很重要。到南北朝时，凡属重要政令，皇帝每每征取侍中的意见，这就使门下省也开始成为参与国家大政的部门了。
隋唐时期，中书省、门下省、尚书省（南北朝时由尚书台改称）同为国家最高政务机构，分别负责决策、审议和执行国家政务，三省长官中书令、侍中、尚书令同列宰相地位。与此同时，原尚书省诸曹正式确定为吏、户、礼、兵、刑、工六部，部下有司。部的首长称尚书，副首长称侍郎；各司正、副负责人称郎中、员外郎。
隋唐三省六部制的确立，是秦汉以来封建国家中央官制不断变化的结果。其组织较完整，分工较明确，可以看作是封建社会已经发展成熟阶段的一个标志。
从隋唐至明清，六部制大体相沿，但是原来分立的三省到唐太宗以后却逐渐起了变化。由于唐太宗未做皇帝前曾当过尚书令，他做皇帝后，这个职务就空着不再授人。尚书省的长官，就只设左、右仆射；但不久左、右仆射成了听令执行的官员，不能再参决大政了。唐高宗时，常用别的官员以“同中书门下平章事”或“同中书门下三品”的名义参与朝政，执行宰相职务，中书令、侍中就不常设了。执行宰相职务的官员们常在“政事堂”商讨和办理国政。政事堂初设在门下省，后移中书省，改称“中书门下”。这样，政事堂就成了实际上的宰相府。五代除沿用唐制以外，又有枢密院（管理军事机密、边防、军马等事务）参与大政，首长称枢密使或知枢密院事。北宋以中书门下省为政事堂，简称中书，和枢密院分掌政务、军事，号称“二府”。元代中枢大政统一于中书省，首长为中书令，往往以太子充任，其次为左右丞相，下统诸部。此外，又在地方设行中书省为中书省的派出机构。因此，元代中书省的职权很重，至于枢密院，则大体上与宋相似。